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TGIRT™-III Enzyme，

TGIRT™-III Enzyme，描述：

1. 全面的链特异性转录组分析。

TGIRT®-seq 的 ribodepleted、碎片化的通用人类参考 RNA 样本概括了人类转录本和 spike-ins 的相对丰度，与非链特异性 TruSeq v2 相比，优于链特异性 Tru-Seq v3。TGIRT®-seq 比 TruSeq v3 具有更高的链特异性，并消除了 TruSeq 固有的随机六聚体引发的采样偏差。TGIRT®-seq 显示出比 TruSeq 更均匀的 5' 到 3' 基因覆盖率并识别出更多的剪接点。TGIRT®-seq 支持在与结构化小 ncRNA（包括 tRNA）相同的 RNA-seq 中同时分析 mRNA 和 lncRNA，而 tRNA 基本上不存在于 TruSeq 数据集中。^8个

2. 全细胞、外泌体、血浆和其他细胞外 RNA 的 RNA-seq。

快速处理时间（通过 PCR 步骤构建 RNA-seq 文库<5 小时）；需要少量 RNA（低 ng 范围）；全面的转录本概况，包括 mRNA 和 lncRNA 以及小 ncRNA，包括 tRNA、pre-miRNA 和其他结构化小 ncRNA 的全长读数；与传统方法相比，偏差更小，链特异性更高。^7,8,15

3. 在 RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP、CRAC、核糖体分析等方法中通过 TGIRT® 模板转换构建 RNA-seq 文库。

快速处理时间（通过 PCR 步骤构建 RNA-seq 文库 < 5 小时）；需要少量 RNA（低 ng 范围）；不需要 RNA 连接酶，通过减少程序中的步骤来减少偏差和提高效率。^1,10,11

4. 比逆转录病毒 RT 具有更高的热稳定性、持续合成能力和链置换活性。

• 使用锚定寡核苷酸 (dT) 引物构建聚腺苷酸化 RNA 的 RNA-seq 文库，与没有核糖核酸去除步骤的逆转录病毒 RT 相比，其 5' 至 3' 覆盖范围更均匀。^1个

• 通过基于毛细管电泳的方法（如 SHAPE 或 DMS 结构映射）实现 RNA 结构映射，与逆转录病毒 RT 相比，读取长度明显更长，过早停止更少。^1,16

• 能够分析包含富含 GC 的重复扩增的 RNA 模板。¹⁸

• 能够从 tRNA 和其他小的结构化/修饰的 ncRNA 合成全长、端到端的 cDNA，这些 ncRNA 对逆转录病毒 RT 具有抵抗力。^4-9,12-15

5. 人血浆和大肠杆菌 基因组DNA 的 ssDNA-seq。

通过直接在 DNA 链的 3' 端启动 DNA 合成，同时连接 DNA-seq 适配器，无需末端修复、加尾或连接，以更简单的工作流程捕获精确的 DNA 末端。能够分析核小体定位、转录因子结合位点、DNA 甲基化位点和组织来源。

酶的建议用途：

1. 全面的链特异性转录组分析。^8个

2. 全细胞、外泌体、血浆和其他无细胞 RNA 的 RNA-seq。^7,8,15

3. miRNA、tRNA 和其他小的非编码 RNA 的分析。^1-9,12,15

4. RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP 和 CRAC，用于表征 RNA-蛋白质相互作用和核糖体分析。^1,10,11

5. 通过高通量测序鉴定 RNA 碱基修饰。^4,5,13,14

6. 使用 SHAPE 和 DMS 修饰等方法进行全基因组或靶向 RNA 结构作图。^1,16

7. 富含 GC 的重复扩增的逆转录和定量。¹⁸

8. 长 cDNA 的合成。^1个

9. RT-qPCR。^1个

10. 单链 DNA 序列。¹⁷

11. FFPE 肿瘤样本分析（咨询 InGex 技术支持）。

酶特性和新活性：

• 比逆转录病毒逆转录酶具有更高的热稳定性、持续合成能力和保真度，允许从高度结构化或大量修饰的 RNA（例如tRNA）和包含富含 GC 的重复扩增的 RNA 合成全长、端到端的 cDNA。^1-9,12,15,18

• 新型端到端模板转换活动，可在逆转录过程中连接 RNA-seq 或 PCR 接头，无需单独的 RNA 3'-接头连接步骤。¹这种模板转换活动极大地促进了链特异性 RNA-seq 文库的构建，与使用随机六聚体引物或使用 RNA 连接酶进行接头连接的程序相比，偏差更小。^1,7,8

• 从退火引物高效合成 cDNA。退火引物的预计 Tm_应>60 ^o C。建议在室温下将酶与底物在反应混合物中预孵育 30 分钟，然后通过添加 dNTP 启动反应。应通过测试 25 至 450 mM NaCl 的一系列盐浓度来确定新应用的最佳条件。

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