QX200 Droplet Digital PCR 系统由两个仪器（QX200 微滴生成仪和 QX200 微滴分析仪）及其相关的消耗品构成。

QX200 液滴生成仪用于将 PCR 反应生成 20,000 个纳升大小的液滴。在使用热循环仪进行 PCR 后，QX200 微滴分析仪将逐个分析每个样品中的液滴。微滴被吸入后，管路将分解乳化的液滴，并使它们依次通过一个双色光学检测系统。每次运行最多可处理 96 个样品。系统将计算阳性和阴性微滴的数量，从而以数字格式对靶 DNA 进行绝对定量分析。此外，对于经过 PCR 的液滴，还可以提取扩增的产品以用于下游环节，例如测序或克隆。